Il s'agit principalement de la mise à niveau des outils informatiques des établissements, de la maîtrise de leur patrimoine mobilier et surtout immobilier, de la construction du budget de gestion, de celle de la comptabilité analytique qu'elle nécessite, des dispositifs d'auto-contrôle et du contrôle par l'Etat. La prochaine période contractuelle, à partir de 2007, devra être consacrée au traitement de ces différents problèmes pour que tous les établissements soient, à l'issue de cette période, en capacité de piloter leur budget consolidé.