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Les ministères chargés de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche disposent, comme tous les autres ministères, d’un Haut fonctionnaire de défense et de sécurité. Celui-ci anime et coordonne la politique en matière de défense, de vigilance, de prévention de crise et de situation d'urgence et contrôle la préparation des mesures d'application. Pour la mise en œuvre de son action, le HFDS s’appuie sur un réseau de correspondants tant dans les académies que dans l’Enseignement supérieur et la Recherche.

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Les systèmes d'information présentent des vulnérabilités liées à diverses menaces qui peuvent être environnementales, intrinsèques, humaines. Leurs impacts peuvent être nombreux comme provoquer l’impossibilité d’assurer certaines missions essentielles. Le ministère a mis en place des mesures pour protéger la circulation, le stockage et le traitement des informations électroniques afin de garantir la continuité de son activité.