Par arrêté du ministre de l'éducation nationale, de la jeunesse et de la vie associative en date du 2 mars 2012, délégation est donnée à Jean Marimbert, secrétaire général des ministères de l'éducation nationale, de la jeunesse et de la vie associative, et de l'enseignement supérieur et de la recherche pour présider le Conseil territorial de l'éducation nationale en cas d'empêchement du ministre chargé de l'éducation.
En cas d'empêchement de Jean Marimbert, la présidence du Conseil territorial de l'éducation nationale est assurée par Jean-Michel Blanquer, directeur général de l'enseignement scolaire au ministère de l'éducation nationale, de la jeunesse et de la vie associative.