Dans ce cadre, l’académie de Paris a diligenté une mission de contrôle qui a mobilisé dix personnels d’inspection et d’encadrement. Cette mission, conduite entre le mois de février 2024 et le mois de mai 2025, a mené une dizaine de visites de l’établissement (entretiens, observations en classe, etc.). Des contrôles sur pièces ont également été réalisés pendant cette période.
 
À l’issue de cette mission de contrôle, il ressort que sur les recommandations formulées par l’IGESR en juillet 2023, dix ont fait l’objet d’une mise en conformité satisfaisante (voir en annexe). En revanche, la mission a relevé que le nouvel enseignement de "culture chrétienne"» s’apparente à de l’instruction religieuse, inscrit à l’emploi du temps des élèves, à raison d’une heure hebdomadaire. Or, le respect de la liberté de conscience implique l’adhésion des parents au suivi d’un tel enseignement. 
 
L’établissement a donc été mis en demeure, par un courrier en date du 23 juin 2025, de prendre les mesures nécessaires, d’ici la rentrée scolaire, pour s’assurer de l’accord explicite des parents à cette heure de "culture chrétienne".
 
Par ailleurs, l’autorité académique a averti l’établissement qu’elle aurait une vigilance particulière s’agissant du déploiement effectif, à partir de la prochaine rentrée scolaire, du programme d’éducation à la vie affective, relationnelle et à la sexualité, au regard notamment de ses enjeux pour la promotion d’une culture de l’égalité entre les filles et les garçons, la lutte contre toutes les formes de discriminations ou de préjugés, ainsi que la prévention des violences, notamment sexistes et sexuelles. 
 
Les recommandations de l’IGESR ayant fait l’objet d’une mise en conformité selon la mission de contrôle de l’Académie de Paris :

• Demander aux corps d’inspection de contrôler l’effectivité des enseignements de sciences numériques et technologies (SNT) en 2nde.
• Demander aux corps d'inspection de contrôler I’effectivité des enseignements de sciences de la vie et de la terre (SVT) en lien avec I’éducation à Ia sexualité (EAS) en particulier ceux relatifs à la prévention des risques (grossesses non désirées, IST, VIH SIDA).
• Demander aux corps d’inspection de contrôler l’effectivité de l’information et de l’EAS, l’éducation à la sexualité prévue par l'article L. 312-16 du code de l’éducation.
• Demander aux corps d’inspection en charge de l’adaptation scolaire et de la scolarisation des élèves handicapés (ASH) de s’assurer que les modalités de scolarisation proposées aux élèves d’ULIS correspondent à leur projet personnalisé de scolarisation (PPS) et de veiller au développement de l’inclusion des élèves d’ULIS et de SEGPA au sein de l’établissement.
• Faire évoluer, avec l’appui des corps d’inspection, les modalités de mise en œuvre de la réforme du lycée en ce qui concerne la liberté de choix des combinaisons d’enseignements de spécialité.
• Demander aux corps d’inspection de s’assurer que le cahier de texte numérique est effectivement renseigné par les professeurs.
• Veiller, conformément au contrat d’association, à ce que les activités de catéchèse et de pastorale soient facultatives et n’empiètent pas sur les enseignements.
• Renforcer le contrôle sur les intervenants dans la catéchèse et l’information sur leurs responsabilités, afin de prévenir les propos contraires aux valeurs de la République, voire pénalement répréhensibles.
• Travailler à une évolution du projet éducatif et des règles de vie, notamment relatives à la tenue vestimentaire, afin de renforcer, conformément aux valeurs de la République, l’égalité filles-garçons et le respect des différences au sein de l’établissement.
• Mettre en place un protocole de circulation de l’information et de signalement en cas d’incident afin de protéger les élèves de propos ou d’actes contraires aux valeurs de la République, voire pénalement répréhensibles.