Le secrétaire général d'établissement public d'enseignement supérieur est chargé de la gestion de l'établissement. A ce titre, il exécute et met en oeuvre les décisions prises par le président de l'université ou le directeur de l'établissement ou résultant des délibérations des conseils présidés par ce dernier.
Ses principaux champs d'attributions peuvent concerner les domaines de la gestion de l'étudiant et des enseignements, la gestion financière,  la gestion des ressources humaines et du patrimoine. Il anime et coordonne les services, pilote les actions innovantes d'amélioration et de modernisation de la gestion.