L'Observatoire est un lieu où s'échangent les expériences, s'expriment les compétences, sont associés tous les acteurs de la prévention.

Il est organisé en trois niveaux :

•  une instance de décision, l'assemblée plénière des membres, avec son président et le rapporteur général. Elle se réunit au moins tous les deux mois pour définir les orientations de travail, voter les rapports et auditionner sur le thème de la sécurité.

•  une instance de direction, le comité de pilotage, émanation de l'assemblée plénière. Il se réunit mensuellement afin de préparer et diriger les travaux des commissions, proposer l'architecture du rapport général, rendre compte des travaux à l'assemblée plénière. Des experts l'assistent de leur compétence technique (préventionistes, architectes, spécialistes du contrôle et de l'inspection du travail).

•  des espaces de réflexion, les commissions, composées de membres de l'assemblée plénière, d'experts et de consultants. Leur composition peut être modifiée en fonction des orientations annuelles de l'Observatoire. Elles réalisent le travail de fond et rédigent rapports et dossiers. Actuellement, l'Observatoire dispose de 6 commissions thématiques :

« sécurité bâtiment et risque incendie »
« équipements sportifs »
« activités expérimentales »
« risques majeurs »
« sécurité, santé, hygiène »
« maintenance du bâti et des équipements »

La préparation, la logistique et l'animation de l'ensemble des travaux des instances de l'Observatoire sont assurées par un secrétariat général de 5 personnes. Il a en charge les actions d'information et de communication ainsi que les relations avec les différents partenaires.

Les partenaires de l'Observatoire
En dehors des organismes qui le constituent, l'Observatoire a mis en place un partenariat au niveau national, avec :
- les autorités académiques : recteurs, inspecteurs d'académie,
- les inspecteurs hygiène et de sécurité,
- les coordonnateurs sécurité et risques majeurs,
- les ingénieurs hygiène et sécurité,
- les ACMO (Agents Chargés de la Mise en Oeuvre hygiène et sécurité),
- les SDIS (Service Départementaux d'Incendie et de Secours),
- les DDEN (Délégués Départementaux de l'Education Nationale),
- l'INRS (Institut National de Recherche en Sécurité),
- le COPREC-Construction (regroupement d'organismes de contrôle),
- le ministère chargé de l'environnement.

Ces différents partenaires sont associés aux travaux des commissions et groupes de travail spécifiques ainsi qu'aux séminaires organisés par l'Observatoire. Ils y apportent leur expérience de terrain et font part de leurs interrogations.

Au niveau international, l'Observatoire se trouve étroitement associé aux réseaux européens favorisant l'émergence d'une culture transfrontalière de la sécurité scolaire. En partenariat avec le programme d'échange de l'OCDE, la direction générale de l'environnement à la commission européenne ou l'accord EUR-OPA Risques Majeurs au Conseil de l'Europe, il intervient dans des colloques internationaux consacrés à la prévention. Son fonctionnement et ses travaux retiennent l'attention de plusieurs pays au point qu'une recommandation européenne porte depuis 2002 sur la création d'observatoires nationaux de la sécurité des établissements scolaires.