La défense et la sécurité doivent être adaptées aux menaces, que ces dernières soient volontaires ou d'origine accidentelle. Depuis 1980, un haut fonctionnaire de défense est placé auprès de chaque ministre (haut fonctionnaire de défense et de sécurité depuis 2007) qui anime et coordonne la politique en matière de défense, de vigilance, de prévention de crise et de situation d'urgence.  

Les plans de défense, de prévention et de gestion de crise prévoient des mesures qui, en cas de menaces, seront appliquées pour permettre au ministère de l'Éducation nationale de continuer à assurer sa mission de service public d'enseignement.  

Les systèmes d'information présentent des vulnérabilités liées à diverses menaces qui peuvent être environnementales, intrinsèques, humaines. Leurs impacts peuvent être nombreux comme provoquer l’impossibilité d’assurer certaines missions essentielles. Le ministère a mis en place des mesures pour protéger la circulation et le stockage des informations électroniques afin de garantir la continuité de son activité.  

L'esprit de défense et de sécurité n'est pas spontané. Il n'est pas non plus réservé aux militaires. Il repose sur la formation d'un esprit civique et citoyen qui doit être abordée dès l'école par une éducation à la citoyenneté. Le ministère de l'Éducation nationale et le ministère de la Défense se sont associés pour que les enseignants puissent traiter ces questions de défense.