L’année 2006 a été marquée par la mise en place des mesures prévues dans la Loi de programme sur la recherche du 18 avril 2006, notamment la création des Pôles de recherche et d'enseignements supérieurs (PRES) et les Réseaux thématiques de recherche avancée (RTRA), du Haut conseil de la science et de la technologie (HCST), l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES). On note, en matière d'innovation, le soutien aux réseaux de recherche et d’innovation technologique et le développement de pôles de compétitivité.