L'un des principaux objectifs du pacte pour la recherche présenté par Gilles de Robien, ministre de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et François Goulard, ministre délégué à l'Enseignement supérieur et à la Recherche était de renforcer des coopérations entre les établissements d'enseignement supérieur et de recherche.

Pour atteindre cet objectif, la loi de programme pour la recherche met à la disposition des acteurs deux outils principaux :
1. Les réseaux thématiques de recherche avancée pour constituer des lieux d'excellence dans un secteur de recherche.
2. Les pôles de recherche et d'enseignement supérieur pour fédérer les forces scientifiques à l'échelle d'un territoire.

Les décrets créant les établissements de coopération scientifique, supports des neuf premiers pôles de recherche et d'enseignement supérieur ont été publiés au journal officiel du 22 mars 2007.
Il s'agit des pôles de recherche et d'enseignement supérieur : « Aix-Marseille Université », « Université de Lyon », « Université de Bordeaux », « Université de Toulouse », « Université Européenne de Bretagne », « Nancy Université », « Universud Paris », « Université ParisEst » et « ParisTech ». Nés de la volonté des acteurs, ils mutualisent certaines des compétences de leurs établissements membres et en particulier, les activités internationales, les fonctions de valorisation et les formations doctorales.

Ces pôles de recherche et d'enseignement supérieur sont accompagnés dès leur création par l'État par une dotation spécifique de 36 M€ et 27 postes fléchés d'enseignants-chercheurs.
« Après la création des réseaux thématiques de recherche avancée et l'installation de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, c'est l'un des axes essentiels du pacte pour la recherche qui se concrétise aujourd'hui, moins d'un an après la promulgation de la loi » a affirmé François Goulard.
« Avec ces neuf premiers pôles de recherche et d'Enseignement supérieur, la communauté scientifique a prouvé sa volonté de coopérer au quotidien et de se fédérer dans des structures lisibles et visibles au plan international. Ces coopérations sont en effet indispensables pour mettre en place de véritables coopérations scientifiques et pédagogiques interdisciplinaires et pour pouvoir attirer les meilleurs chercheurs, enseignants-chercheurs et étudiants du monde entier en France ».