L'arrêté sur les études doctorales est paru au Journal Officiel du 24 août 2006. Il constitue un élément important de la mise en œuvre de la loi de programme pour la Recherche. Il est l'aboutissement d'une longue concertation avec l'ensemble de la communauté scientifique et universitaire.

Dans le cadre de la mise en œuvre du L.M.D. (Licence-Master-Doctorat) dans les universités et dans l'ensemble des établissements de l'enseignement supérieur français, ce texte refonde la formation des jeunes docteurs en France.

Ce projet prévoit que seules les écoles doctorales habilitées par le ministère seront autorisées à délivrer un doctorat. Les écoles doctorales seront habilitées après une évaluation transparente fondée sur la compétence scientifique des laboratoires qui la composent et sur la qualité des formations délivrées aux doctorants. Par ailleurs, ce projet renforce les modalités d'accompagnement et de formation des doctorants en prévoyant notamment un nombre maximum de doctorants par directeur de thèse.

Gilles de Robien, ministre de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, a indiqué que « pour que l'Europe et, en particulier, la France entrent de plain-pied dans l'économie de la connaissance, il est indispensable que notre pays forme des scientifiques à la recherche et par la recherche, pour qu'ils puissent irriguer et faire profiter de leur compétence l'ensemble de la nation. La réforme des études doctorales, comme l'ensemble des mesures en faveur des jeunes chercheurs inscrites dans le pacte pour la recherche, concrétise notre volonté de mieux former les docteurs et de faire de leur insertion professionnelle par l'excellence scientifique une priorité ».

François Goulard, ministre délégué à l'Enseignement supérieur et à la Recherche, souligne que « les écoles doctorales auront, en particulier, à s'assurer de la qualité de l'encadrement des doctorants, à veiller au respect de la charte des thèses et, au delà de la formation à et par la recherche acquise en laboratoire, à mettre en place un dispositif d'accompagnement et d'appui à l'insertion professionnelle des docteurs, tant dans les établissements publics que dans le secteur privé. A la nécessaire excellence académique s'ajoutera, pour les nouvelles écoles doctorales, la possibilité d'être plus ouvertes sur le monde de l'innovation et les secteurs socio-économiques ».