Les établissements d'enseignement supérieur comprennent, outre les 85 universités :

• 3 instituts nationaux polytechniques,
• 4 Écoles normales supérieures,
• 5 Écoles françaises à l'étranger,
• 2 observatoires (Paris et Nice),
• 9 Instituts d'études politiques,
• les autres grands établissements (Collège de France, Muséum national d'histoire naturelle, École des hautes études en sciences sociales, École des chartes, Conservatoire national des arts et métiers, École pratique des hautes études)
• 31 écoles d'ingénieurs.

En raison de la qualité de leur activité de recherche, ces établissements à caractère scientifique, culturel et professionnel sont habilités à délivrer le doctorat (près de 10 000 doctorats par an).

La recherche publique est produite au sein d'unités de recherche associant fréquemment enseignants-chercheurs de l'université et chercheurs d'organismes de recherche. Les établissements d'enseignement supérieur regroupent quelque 3 300 équipes ou laboratoires de recherche dont la moitié sous la forme d'unités mixtes de recherche ou d'instituts fédératifs de recherche, à responsabilité partagée avec les organismes.

L'action de ces opérateurs est complétée par l'intervention des agences de moyens qui contribuent au financement des laboratoires dans le cadre de projets. Ce type de financement est structuré et renforcé par la création de deux agences nationales : l'Agence nationale de recherche (A.N.R.) et l'Agence de l'innovation industrielle (A.I.I.).