L'I.G.A.E.N.R. accomplit ses missions au nom des ministres chargés de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, et par délégation immédiate de ceux-ci. Elle organise librement son activité, définit elle-même ses méthodes de travail et d'enquête et assure le suivi des mesures d'amélioration du fonctionnement du système éducatif qu'elle a proposées.

Elle est dirigée et animée par un inspecteur général chef du service, nommé pour cinq ans par le ministre et assisté d'un adjoint. Elle regroupe une centaine de membres. En outre, une vingtaine de chargés de mission est affectée à l'inspection générale. Certains membres de l'inspection sont détachés ou mis à disposition pour exercer les fonctions de direction ou de conseil dans des services centraux ou déconcentrés.

L'I.G.A.E.N.R. est organisée en six groupes territoriaux

Est, Ile-de-France, Midi, Nord-Ouest, Ouest, Sud-Est, qui regroupent chacun plusieurs académies et qui lui permettent d'assurer une présence plus proche des structures d'enseignement et des utilisateurs, acteurs et partenaires du système éducatif.
Chaque académie est plus particulièrement suivie, au sein de chaque groupe territorial, par un correspondant académique (C.A.).

Deux inspecteurs généraux sont chargés de coordonner respectivement les travaux relatifs à l'enseignement supérieur et ceux relatifs à la Recherche.

Chef du service : Thierry Bossard
Adjoint au chef du service : Henri Peretti
Secrétariat : Jackie Senot et Line Correia dos Santos
Tel : 01.55.55.31.30 - 01.55.55.31.40